Offre de stage bioturbation

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

 Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR EcoSys (INRAE-AgroParisTech) à Palaiseau

 Sujet du stage :

En agriculture, l’utilisation de pesticides est fréquente car elle permet de protéger les cultures et de limiter les pertes de production. Cependant, ces contaminants peuvent se retrouver dans les sols et impacter des organismes non ciblés. Parmi ces substances utilisées on retrouve, par exemple, la cyperméthrine qui est un insecticide de la famille des pyréthrinoïdes utilisé contre de nombreux insectes ravageurs. Elle agit principalement sur les canaux sodiques voltage-dépendants et entraîne des effets neurotoxiques chez les organismes exposés (Muangphra et al., 2015).

Parmi les organismes du sol, les vers de terre jouent un rôle important dans son fonctionnement. Leurs déplacements et le creusement de galeries participent notamment à la bioturbation, à la structuration et à l’aération du sol ainsi qu’aux flux de matière. Le comportement des vers de terre peut être sensible à l’exposition aux pesticides et être affecté à des concentrations n’entraînant pas nécessairement d’effet sur leur survie ou leur reproduction (Pelosi et al., 2014).

Les effets des contaminants sont souvent étudiés en comparant la réponse moyenne d’un groupe contrôle à celle d’un groupe exposé. Cette approche ne permet pas de prendre en compte la variabilité inter-individuelles. En effet, certains vers peuvent être plus actifs que d’autres et le rester au cours du temps. Pourtant, cette variabilité interindividuelle reste encore peu prise en compte en écotoxicologie (Gollot et al., 2026; Royauté et al., 2015).

L’objectif de ce stage sera d’étudier si une exposition à la cyperméthrine modifie l’activité des vers de terre mais aussi la variabilité de cette activité entre les individus. Une deuxième question sera de savoir si ces différences de comportement ont une importance fonctionnelle et si cette relation entre activité et bioturbation est modifiée par l’exposition au pesticide.

L’expérience sera réalisée sur Aporrectodea caliginosa, une espèce endogée fréquemment retrouvée dans les milieux agricoles (Bart et al., 2018). Le comportement de locomotion de chaque ver sera enregistré pendant plusieurs jours à l’aide d’un dispositif vidéo développé au laboratoire. Ce suivi sera réalisé trois fois sur les mêmes individus afin d’obtenir des mesures répétées de leur comportement et d’en estimer leur variabilité. Les mêmes mesures seront réalisées chez des individus contrôles et exposés à la cyperméthrine (5mg kg^-1). L’analyse des vidéos sera automatisée en utilisant des méthodes de détection basées sur l’intelligence artificielle qui permettent de détecter les vers sur les images, de suivre leurs déplacements et d’en extraire des mesures d’activité. La surface de galeries creusée par chaque individu sera également quantifiée à partir de ces mêmes vidéos. Ce dispositif permettra ainsi de relier les altérations comportementales avec les conséquences fonctionnelles de l’exposition aux pesticides des vers de terre sur la structuration du sol. 

Nous recherchons un·e étudiant·e rigoureux·se, organisé·e et à l’aise avec les manipulations en laboratoire. Un intérêt pour l’analyse de données et une certaine autonomie seront également appréciés. Le stage se déroulera à l’UMR EcoSys (INRAE-AgroParisTech), à Palaiseau (France) du 01/02/2027 au 31/07/2027. L’étudiant·e sera encadré·e étroitement par Léa Dasque, Juliette Faburé et Raphaël Royauté et pourra bénéficier de l’appui du personnel technique travaillant dans le laboratoire.

Si vous êtes intéressé·e, merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation à : lea.dasque@inrae.fr. Les candidatures seront examinées au fil de l’eau, nous vous encourageons donc à envoyer votre candidature rapidement. 

 Références :

Bart, S., Amossé, J., Lowe, C. N., Mougin, C., Péry, A. R., & Pelosi, C. (2018). Aporrectodea caliginosa, a relevant earthworm species for a posteriori pesticide risk assessment : Current knowledge and recommendations for culture and experimental design. Environmental Science and Pollution Research, 25(34), 33867‑33881.

Gollot, L., Beaudouin, R., Mathieu, J., Faburé, J., & Royauté, R. (2026). Uncovering hidden sensitivity : Interindividual growth variation in earthworms under fungicide exposure. Environmental Toxicology and Chemistry, 45(2), 500‑510.

Muangphra, P., Sengsai, S., & Gooneratne, R. (2015). Earthworm biomarker responses on exposure to commercial cypermethrin. Environmental toxicology, 30(5), 597‑606.

Pelosi, C., Barot, S., Capowiez, Y., Hedde, M., & Vandenbulcke, F. (2014). Pesticides and earthworms. A review. Agronomy for Sustainable Development, 34(1), 199‑228. https://doi.org/10.1007/s13593-013-0151-z

Royauté, R., Buddle, C. M., & Vincent, C. (2015). Under the influence : Sublethal exposure to an insecticide affects personality expression in a jumping spider. Functional Ecology, 29(7), 962‑970.

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

 Formation recommandée : M2

 Diplôme Minimum requis : Licence

 Connaissances souhaitées : Expérience en laboratoire

 Expérience appréciée : Analyse de données (R)