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APRIANTO Yoce

APRIANTO Yoce

Doctorant : In silico approach to analyse and predict the endocrine disruptive effects

 Equipe : Sol&Tox Saclay

Bureau : F3.117 (6p)

Encadrant : L. Mamy

Du 01/10/2023 au 01/10/2026

 

HAL : Dernières publications

  • [hal-04334634] Future challenges for using in silico molecular typology for risk assessment of pesticides metabolites - the example of Typol

    [...]

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Pierre Benoit) 11 Dec 2023

    https://hal.inrae.fr/hal-04334634v1
  • [hal-04826659] Proposing a chemical-mapping based approach for prioritization of endocrine disrupting environmental contaminants

    The presence of endocrine disrupting contaminants (EDCs) in the environment has been known for decades and is due to anthropogenic activities [1]. They can induce adverse effects even at very low concentrations [2,3]. However, the identification, detection, and quantification of EDCs remain several challenges. First, mechanisms of endocrine disruption are very complex through multifaceted pathways [4]. Among these mechanisms, the ability to bind to and/or activate nuclear hormone receptors (NRs) is essential to identify endocrine disruptor hazards [5]. Second, the EDCs belong to a highly heterogeneous group of chemicals, which may have very different environmental behaviors [6,7]. Therefore, the unique characteristics of each compound make it more challenging to find distinct structure-activity relationships of EDCs [6]. The study aims at proposing an alternative, easily exploitable clustering approach to link the chemical structure of organic compounds and their ED properties, and eventually at highlighting the relationship with their environmental fate. The approach will be based on TyPol (Typology of Pollutants) which is an operational tool that allows the clustering of organic compounds according to similarities in molecular properties, fate, and effects [8]. For characterizing the ED effects in particular, binding affinities (BA) and bioactivity of compounds have been selected as new parameters to implement in the TyPol database. Furthermore, a set of molecular descriptors, environmental, and ecotoxicological parameters [8] will be employed in addition to BA and bioactivity. At first, TyPol will be used to classify organic contaminants that are known or supposed to exhibit estrogenic (249 compounds) and androgenic (104 compounds) properties. These compounds were retrieved from NORMAN (List of chemicals – S109/PARCEDC), EDKB (Endocrine Disruptor Knowledge Base), EADB (Estrogenic Activity Database), and CompTox Chemicals Dashboard. Finally, the TyPol tool is expected to discriminate potential EDCs of high concern from those of lower concern based on their aforementioned parameters in order to prioritize compounds and improve environmental risk assessment.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Yoce Aprianto) 09 Dec 2024

    https://hal.inrae.fr/hal-04826659v1
  • [hal-04173298] Identification et écotoxicité des produits de transformation des pesticides dans les milieux aquatiques

    Une fois appliquées pour protéger les cultures, les substances actives de pesticides sont soumises à divers processus biotiques et abiotiques qui gouvernent leur devenir et leur transfert dans les différents compartiments de l’environnement (sol, eau, air). Les pesticides peuvent s’y dégrader en produits de transformation (TP), et les processus de dégradation et de transfert des TP sont variables dans le temps et l’espace, en fonction de la période d’application de la molécule mère, de ses caractéristiques et des conditions physico-chimiques du milieu. Les TP, bien que peu recherchés, sont potentiellement très nombreux [1], et présents à faibles teneurs dans les milieux aquatiques. L’écotoxicité des TP est encore peu étudiée, mais diverses études indiquent qu’ils peuvent avoir un potentiel écotoxique différent de la substance active mère [2]. A ce jour, bien que l’importance des TP du point de vue toxicologique, écotoxicologique ou environnemental soit régulièrement mise en avant, seuls quelques TP sont bien identifiés [1]. Il apparait donc un besoin d’améliorer les connaissances sur les processus de formation de ces TP, leur devenir, voire leurs effets dans l’environnement et les prendre en compte dans des modèles, notamment ceux utilisés dans des approches réglementaires [3]. Dans ce contexte, le projet TAPIOCA, co-financé par l’Office Français de la Biodiversité (OFB) dans le cadre de l’APR Ecophyto II+ « Santé écosystèmes », poursuit trois objectifs complémentaires : i) mettre au point des méthodes analytiques sensibles pour la recherche et l’identification de TP de pesticides dans les milieux aquatiques afin de mieux caractériser leur occurrence ; ii) améliorer les connaissances sur les effets d’une sélection de pesticides et de TP associés, sur les communautés microbiennes et les macroinvertébrés aquatiques ; et iii) tester l’apport d’outils de prédiction des propriétés de dissipation et de transferts hydriques de TP de pesticides pour mieux cerner leur potentiel de présence dans les milieux naturels (sol, nappe superficielle, cours d’eau) en petits bassins agricoles. Nous présentons ici quelques résultats marquants du projet, associant des approches analytiques, écotoxicologiques et de modélisation, pour améliorer la caractérisation des niveaux d’exposition chronique aux TP de pesticides sélectionnés (le fongicide tébuconazole, l’insecticide fénoxycarbe et l’herbicide terbuthylazine), et des effets biologiques associés pour différents organismes aquatiques non-cibles (communautés microbiennes, macroinvertébrés). Des listes étendues de TP potentiellement formés dans l’environnement ont été construites à partir de la bibliographie et de logiciels de prédiction (ex. pour le tébuconazole avec 291 TP uniques, [4]). Des analyses « suspectées » par chromatographie couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-HRMS) ont été mises en œuvre, en s’appuyant sur ces listes, pour identifier des TP présents dans des échantillons prélevés in situ. L’apport de la chromatographie bidimensionnelle 2D-LC-HRMS a également été évalué pour améliorer l’identification des TP dans les matrices environnementales. Des expérimentations en microcosmes avec des organismes aquatiques (périphyton, communautés microbiennes d’hyphomycètes ou gammares) ont permis d’évaluer les effets de plusieurs scénarios d’exposition aux pesticides et TP associés sur différents descripteurs biologiques. Les premiers résultats montrent globalement une toxicité moindre des TP comparativement aux trois molécules mères sur les organismes étudiés. Le croisement des résultats issus des différentes échelles d’études (laboratoire, terrain) et des approches expérimentales et de modélisation apporte des informations précieuses pour améliorer les niveaux de connaissances sur la présence et les effets écotoxiques des produits de transformation de contaminants organiques encore très méconnus.

    ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Christelle Margoum) 28 Jul 2023

    https://hal.science/hal-04173298v1

Voir aussi

yoce.aprianto@inrae.fr

Date de modification : 06 novembre 2023 | Date de création : 21 novembre 2022 | Rédaction : SF